
[ad_1]
Barrett, R. D. & Hoekstra, H. E. Spandrels moléculaires: tests d’adaptation au niveau génétique. Nat. Rev. Genet. 12767–780 (2011).
Agrawal, A. A. Vers un cadre prédictif de l'évolution convergente: intégration de l'histoire naturelle, des mécanismes génétiques et des conséquences pour la diversité de la vie. Un m. Nat. 190, S1 à S12 (2017).
Stern, D. L. Les causes génétiques de l'évolution convergente. Nat. Rev. Genet. 14751 à 764 (2013).
Storz, J. F. Causes de la convergence moléculaire et du parallélisme dans l'évolution des protéines. Nat. Rev. Genet. 17, 239-250 (2016).
Siddiq, M.A., Loehlin, D.W., Montooth, K.L. & Thornton, J.W. Essai expérimental et réfutation d'un cas classique d'adaptation moléculaire Drosophila melanogaster. Nat. Ecol. Evol. 1, 0025 (2017).
Agrawal, A. A., Petschenka, G., Bingham, R. A., Weber, M. G. et Rasmann, S. Cardenolides toxiques: écologie chimique et coévolution des interactions spécialisées plante-herbivore. Nouveau Phytol. 194, 28–45 (2012).
Petschenka, G., Wagschal, V., von Tschirnhaus, M., Donath, A. & Dobler, S. Des métabolites secondaires toxiques et convergents chez les plantes entraînent l'évolution moléculaire parallèle de la résistance des insectes. Un m. Nat. 190, S29 à S43 (2017).
Holzinger, F., Frick, C. et Wink, M. Bases moléculaires de l'insensibilité du monarque (Danaus plexippus) aux glycosides cardiaques. FEBS Lett. 314477 à 480 (1992).
Dobler, S., Dalla, S., Wagschal, V. et Agrawal, A. A. Evolution convergente d'une communauté à l'autre en ce qui concerne l'adaptation des insectes aux cardénolides toxiques par substitution dans la Na, K-ATPase. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 109, 13040-13045 (2012).
Zhen, Y., Aardema, M. L., Medina, E. M., Schumer, M. & Andolfatto, P. Évolution moléculaire parallèle dans une communauté d'herbivores. Science 3371634-1637 (2012).
Petschenka, G. et al. Evolution progressive de la résistance aux cardénolides toxiques via des substitutions génétiques chez le Na+ /K+ -ATPase de papillons d'asclépiade (lépidoptères: Danaini). Évolution 672753–2761 (2013).
Horisberger, J. D. Aperçu récent de la structure et du mécanisme de la pompe à sodium. Physiologie (Bethesda) 19377–387 (2004).
Weinreich, D. M., Delaney, N. F., Depristo, M. A. & Hartl, D. L. L'évolution darwinienne ne peut suivre que très peu de chemins de mutation pour les protéines ajusteuses. Science 312111-114 (2006).
Toprak, E. et al. Voies d'évolution vers la résistance aux antibiotiques dans le cadre d'une sélection de médicaments soutenue de manière dynamique. Nat. Genet. 44101-105 (2011).
Whiteman, N. K. & Mooney, K. A. Biologie évolutive: les insectes convergent sur la résistance. La nature 489, 376 à 377 (2012).
Berenbaum, M. R. à Aspects moléculaires des associations insectes – plantes (eds Brattsten, L. B. et Ahmad, S.) 257-272 (Springer, 1986).
Brower, L. P., Ryerson, W. N., Coppinger, L. & Glazier, S. C. Chimie écologique et spectre de la palatabilité. Science 1611349-1350 (1968).
Petschenka, G. & Agrawal, A. A. La résistance du papillon à l’asclépiade aux toxines végétales est liée à la séquestration et non à un régime alimentaire toxique. Proc. R. Soc. B 28220151865 (2015).
Zhan, S. et al. La génétique de la migration du papillon monarque et de la coloration de l'avertissement. La nature 514317 à 321 (2014).
Tarvin, R. D. et al. Les substitutions d'acides aminés en interaction permettent aux grenouilles empoisonnées de développer une résistance à l'épibatidine. Science 357, 1261-1266 (2017).
Haye, M. T. J. et al. Les mutations à grand effet génèrent un compromis entre les capacités prédatrices et locomotrices lors de la coévolution de la course aux armements avec des proies mortelles. Evol. Lett. 2, 406 à 416 (2018).
Blount, Z. D., Barrick, J. E., Davidson, C. J. et Lenski, R. E.. Analyse génomique d’une innovation clé dans un Escherichia coli population. La nature 489513-518 (2012).
Groen, S.C. et al. Les transporteurs multidrogues et les polypeptides de transport d'anions organiques protègent les insectes des effets toxiques des cardénolides. Insecte Biochem. Mol. Biol. 8151–61 (2017).
Dalla, S. & Dobler, S. Les duplications géniques permettent d'éviter les compromis entre la fonction enzymatique: adaptation des insectes aux plantes hôtes toxiques. Évolution 702767-2777 (2016).
Lin, S., Staahl, B.T., Alla, R. K. & Doudna, J. A. Ingénierie améliorée du génome humain dirigée par homologie en contrôlant la synchronisation de la distribution CRISPR / Cas9. eLife 3, e04766 (2014).
Port, F., Chen, H.-M., Lee, T. et Bullock, S. L. Des outils CRISPR / Cas optimisés pour une ingénierie efficace du génome de la lignée germinale et somatique dans Drosophile. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 111E2967 à E2976 (2014).
Pégueroles, C. et al. Les inversions et l’adaptation à la toxine végétale ouabaïne façonnent la variation de séquence d’ADN à l’intérieur et entre des inversions chromosomiques de Drosophila subobscura. Sci. Représentant. 623754 (2016).
Shorrocks, B. dans La génétique et la biologie de la drosophile (eds Ashburner, M. et al.) 385–428 (Academic, 1982).
Ashmore, L. J. et al. De nouvelles mutations affectant les maladies neurologiques complexes du modèle Na, K ATPase alpha et impliquent la pompe à sodium dans l'augmentation de la longévité. Fredonner. Genet. 126431–447 (2009).
Schubiger, M., Feng, Y., Fambrough, D. M. et Palka, J. Une mutation de la Drosophile Le gène de la sous-unité a de la pompe à sodium entraîne une paralysie sensible au bang. Neurone 12373–381 (1994).
Trifinopoulos, J., Nguyen, L.-T., von Haeseler, A. & Minh, B. Q. W-IQ-TREE: un outil phylogénétique en ligne rapide pour l'analyse du maximum de vraisemblance. Acide Nucléique Rés. 44, W232 – W235 (2016).
Petschenka, G., Pick, C., Wagschal, V. & Dobler, S. Preuves fonctionnelles des mécanismes physiologiques permettant de contourner la neurotoxicité des cardénolides chez une espèce de faucon de faucon adaptée et non adaptée. Proc. R. Soc. B 28020123089 (2013).
Paradis, E., Claude, J. & Strimmer, K. APE: Analyses de la phylogénétique et de l'évolution en langage R. Bioinformatique 20289-290 (2004).
Pupko, T., Peer, I., Shamir, R. et Graur, D. Un algorithme rapide pour la reconstruction conjointe de séquences ancestrales d’acides aminés. Mol. Biol. Evol. 17890 à 896 (2000).
Pond, S.L. K., Frost, S.D. W. & Muse, S.V. HyPhy: tests d'hypothèses utilisant des phylogénies. Bioinformatique 21676–679 (2005).
Letunic, I. & Bork, P. Arbre de vie interactif (iTOL) v3: un outil en ligne pour l'affichage et l'annotation d'arbres phylogénétiques et autres. Acides Nucléiques Rés. 44, W242 à W245 (2016).
Levy Karin, E., Ashkenazy, H., Wicke, S., Pupko, T. et Mayrose, I. TraitRateProp: un serveur Web destiné à la détection de changements de vitesse évolutifs liés aux traits dans les sites de la séquence. Acides Nucléiques Rés. 45, W260 à W264 (2017).
Poon, A. F., Lewis, F., Pond, S. L. et Frost, S. D. Un modèle de réseau évolutif révèle des interactions stratifiées dans la boucle V3 de l'enveloppe du VIH-1. PLOS Comput. Biol. 3e231 (2007).
Gratz, S.J. et al. Réparation dirigée par l'homologie hautement spécifique et efficace catalysée par CRISPR / Cas9 Drosophile. La génétique 196961–971 (2014).
Ponton, F., Chapuis, M. P., M. Pernice, M. Sword, G. A. et Simpson, S. J.. Évaluation de gènes de référence potentiels pour les études de transcription inverse-qPCR de réponses physiologiques dans Drosophila melanogaster. J. Insecte Physiol. 57840–850 (2011).
Taussky, H. H. & Shorr, E. Une méthode microcolorimétrique pour la détermination du phosphore inorganique. J. Biol. Chem. 202675–685 (1953).
Petschenka, G. & Dobler, S. Sensibilité d'un site cible chez un herbivore spécialisé aux principaux composés toxiques de sa plante hôte: le Na+K+-ATPase de la laque rose du laurier-rose (Daphnis nerii) est très sensible aux cardénolides. Chimioécologie 19, 235-239 (2009).
Beikirch, H. Toxicité de la ouabaïne sur Drosophila melanogaster. Experientia 33494-495 (1977).
Ja, W. W. et al. Prandiologie de Drosophile et le test CAFE. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 1048253 à 8256 (2007).
Glass, H. W. Jr & Pan, M. L. Élevage en laboratoire de papillons monarques (Lepidoptera: Danaiidae), à l'aide d'un régime alimentaire artificiel. Ann. Entomol. Soc. Un m. 76475-476 (1983).
Malcolm, S. B. et Zalucki, M. P. L'induction de latex et de cardénolide par l'asclépiade peut résoudre le paradoxe létal de défense des plantes. Entomol. Exp. Appl. 80, 193-196 (1996).
Šali, A., L. Potterton, F. Yuan, van Vlijmen, H. et Karplus, M. Évaluation de la modélisation comparative des protéines par MODELLER. Les protéines 23318 à 326 (1995).
Laursen, M., Yatime, L., Nissen, P. et Fedosova, N. U. Structure cristalline de la grande affinité Na+K+-ATPase-ouabain complex with Mg2+ lié dans le site de liaison des cations. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 11010958-10963 (2013).
Gregersen, J. L., D. Mattle, Fedosova, N. U., Nissen, P. et Reinhard, L. Isolement, cristallisation et détermination de la structure cristalline du rein bovin Na+, K+-ATPase. Acta Crystallogr. F 72, 282–287 (2016).
Janson, G., Zhang, C., Prado, M.G. & Paiardini, A. PyMod 2.0: améliorations de l'analyse de la structure de séquence protéique et de la modélisation de l'homologie au sein de PyMOL. Bioinformatique 33444–446 (2017).
Le système graphique moléculaire PyMOL v.1.8 (Schrödinger LLC, 2015).
Morris, G.M. et al. AutoDock4 et AutoDockTools4: Amarrage automatisé avec flexibilité sélective du récepteur. J. Comput. Chem. 302785-2791 (2009).
Sanner, M. F. Python: un langage de programmation pour l’intégration et le développement de logiciels. J. Mol. Graphique. Modèle. 17, 57–61 (1999).
Ganetzky, B. et Wu, C. F. Suppression indirecte impliquant des mutants comportementaux à excitabilité nerveuse modifiée Drosophila melanogaster. La génétique 100597 à 614 (1982).
[ad_2]