Aucune bactérie trouvée dans les placentas sains

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L'embryon humain précoce est exempt de micro-organismes, tandis que le nourrisson post-sevrage héberge une communauté de microbes – un microbiote – d'une complexité comparable à celle des adultes. Comment et quand la symbiose entre l'homme et son microbiote est établie sont des sujets de recherche active. de Goffau et al. fournir des preuves que le placenta, qui joue le rôle d'interface entre le corps maternel et le fœtus, n'est pas colonisé par les micro-organismes lors de grossesses saines et qu'il est donc peu probable qu'il soit la principale voie de développement du microbiote du nourrisson in utero.

Si la colonisation microbienne de l'homme se produit dans l'utérus, cela aurait des implications essentielles pour la formation du système immunitaire précoce. Les premiers selles d’un nourrisson sont déjà peuplées de micro-organismes, mais on ignore s’il s’agit uniquement d’une acquisition microbienne au cours de la grossesse. et après l'accouchement, ou si les microbes atteignent et colonisent également le fœtus avant la naissance. Parce que le prélèvement du contenu intestinal du fœtus est beaucoup plus difficile que la collecte du placenta et du liquide amniotique lors d'une césarienne (élective), les scientifiques se sont concentrés sur les deux derniers à l'interface entre le corps de la mère et celui du fœtus. L’identification concluante des communautés microbiennes dans et sur le placenta suggèrerait en effet que les microbes colonisent le fœtus, mais ces dernières années, des preuves ont été présentées qui soutiennent et qui réfute le dogme de longue date selon lequel le placenta et le liquide amniotique sont stériles dans des conditions physiologiques, c'est-à-dire pendant une grossesse en bonne santé. Le débat sur cette question reste donc ouvert, (Fig. 1).

Figure 1 | Scénarios de colonisation bactérienne de l'intestin du nourrisson. uneOn a longtemps pensé que le placenta humain et le fœtus étaient exempts de micro-organismes. Les nouveau-nés devaient donc acquérir les bactéries intestinales de la mère lors de l'accouchement et de l'environnement (les zones rouges indiquent les sources de bactéries), avec d'autres influences associées au mode d'accouchement et au régime alimentaire (allaitement ou lait maternisé). b, Cependant, au cours des dernières années, des preuves ont été publiées ce qui suggère que le placenta contient des bactéries et qu'une colonisation bactérienne de l'intestin du foetus se produit donc dans l'utérus. c, In utero La colonisation de l'intestin fœtal par la mère peut également se produire dans certaines circonstances, même si le placenta est exempt de microbes. De Goffau et al. rapportent maintenant des preuves convaincantes que le placenta est exempt de bactéries pendant les grossesses saines, excluant ainsi le scénario de b.

Il n’est pas contesté que, durant une grossesse en bonne santé, le placenta et le liquide amniotique ne peuvent pas héberger une concentration de bactéries aussi élevée que celle observée dans la bouche ou les intestins d’un adulte. Le défi technique des études sur des échantillons de placenta est donc de distinguer les micro-organismes réellement présents en petites quantités sur ces tissus de ceux trouvés sur les outils de laboratoire et de la contamination des échantillons lors de la collecte. De petites quantités de contamination microbienne peuvent être généralisées, et les sources vont de l'air aux kits d'extraction d'ADN supposément stériles. et autres articles associés au traitement et au séquençage de l'ADN. Il était donc nécessaire que des études prennent en compte de manière rigoureuse les risques de contamination; ces études nécessiteraient également une taille d'échantillon suffisamment grande pour assurer la robustesse statistique. De Goffau et ses collègues font maintenant rapport sur une telle étude.

Les auteurs ont analysé des échantillons de placenta provenant de 537 femmes – de loin le plus grand nombre d'échantillons utilisés dans une étude de ce type – en utilisant une approche approfondie du séquençage de l'ADN pour rechercher un contenu microbien. Ils ont utilisé la même boîte à outils d’extraction d’ADN et les mêmes procédures de séquençage sur les témoins négatifs – des échantillons «vierges» supposés exempts de matériel biologique. Ils ont également utilisé des contrôles positifs, produits en dopant des échantillons placentaires avec une quantité connue de la bactérie. Salmonella bongori, pour calibrer l’abondance d’autres microbes éventuellement présents dans l’échantillon. Le séquençage a été effectué à l’aide de deux techniques complémentaires, connues sous le nom de métagénomique au canon et séquençage d'amplicon de gène d'ARNr 16S, afin de prendre en compte les biais potentiels spécifiques à la technique. Les résultats étaient clairs: le placenta ne contient pas de microbes pendant une grossesse en bonne santé et les problèmes de contamination constituaient une explication convaincante de la présence de bactéries détectées.

Certains des détails rapportés dans le document révèlent à quel point les microbes contaminants peuvent être envahissants lorsque les concentrations de bactéries dans les échantillons sont très faibles. Par exemple, deux bactéries potentiellement responsables de maladies, Vibrio cholerae et Streptococcus pneumoniae, ont été détectés par métagénomique avec des armes à feu et par des souches de bactéries appariées précédemment séquencées sur le même appareil. La détection de ces bactéries est donc très probablement le résultat d’une contamination croisée de l’appareil de séquençage des auteurs. La capacité des méthodes de séquençage modernes à détecter de faibles nombres de bactéries est donc un problème dans certaines expériences, car même une infime quantité de contaminants peut entraîner une détection faussement positive. Les échantillons des auteurs ont été davantage contaminés aux premiers stades de la préparation des échantillons qu’aux stades ultérieurs. Les auteurs ont confirmé les rapports précédents déclarant qu'un microbiote relativement riche était présent dans des kits d'extraction d'ADN du commerce et identifiait des communautés de bactéries spécifiques à l'entreprise à partir du matériel génétique extrait des échantillons témoins à blanc.

Globalement, les procédures complexes utilisées par de Goffau et ses collègues pour identifier les contaminants leur ont permis de tirer une conclusion claire: un seul type de bactérie a été trouvé de manière convaincante dans les échantillons de placenta dans leur étude, et ce n'était que dans environ 5% de ces échantillons. Cette découverte fournit des preuves solides qu'il n'y a pas de microbiote fonctionnel dans le placenta et suggère qu'il est hautement improbable que les nourrissons acquièrent des microbes du placenta dans des conditions physiologiques normales.

La bactérie occasionnellement détectée dans le placenta était Streptococcus agalactiae. Si présente chez la mère lors de l'accouchement, S. agalactiae peut être transmis au nouveau-né et causer une pneumonie, une septicémie et une méningite; plusieurs pratiques cliniques sont utilisées pour prévenir cette transmission. L'identification de S. agalactiae dans certains des échantillons de placenta dans l'étude ne contredit pas le dogme que l'utérus est exempt de microbes dans les grossesses en bonne santé, parce que cette bactérie est associée à la maladie. En effet, le constat que S. agalactiae est la seule bactérie présente sur le placenta. Dans un petit nombre d’échantillons, on s’attend à ce qu’une petite fraction des femmes enceintes en soit atteinte et qu’elle puisse subir une transmission intra-utérine, ce qui renforce la crédibilité des résultats expérimentaux.

Une étude à grande échelle soigneusement contrôlée et contrôlée par De Goffau et ses collègues est nécessaire pour fournir des preuves solides de l’absence de bactéries dans le placenta. En tant que telle, l’étude établit également une référence pour les enquêtes portant sur d’autres organes ou tissus humains qui, tout au plus, sont porteurs d’un petit nombre de bactéries, telles que les poumons ou le sang. Néanmoins, il est difficile de prouver de manière concluante les résultats négatifs. Le dogme selon lequel l'utérus est exempt de microbes doit donc être étudié plus en profondeur. Les bactéries peuvent surmonter de nombreuses barrières de l'hôte dans certaines conditions, et une seule cellule bactérienne qui atteint l'intestin du foetus pourrait éventuellement se développer in utero la colonisation. Comment la symbiose d'un hôte humain avec son microbiote est établie reste une question fondamentale et intrigante, mais nous pouvons maintenant être assurés que le placenta n'est pas un réservoir microbien et n'est donc pas un flux direct important de divers microbes vers le fœtus dans des conditions saines .

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