La chromatine active marque la séquestration spatiale de l'hétérochromatine dans les noyaux de C. elegans

[ad_1]

  • 1.

    Solovei, I., Thanisch, K. & Feodorova, Y. Comment gouverner le noyau: divide et impera. Curr. Opin. Cellule biol. 40, 47–59 (2016).

  • 2

    Perovanovic, J. et al. Les laminopathies perturbent les programmes de développement épigénomiques et le destin des cellules. Sci. Trad. Med. 8, 335ra58 (2016).

  • 3

    Gonzalez-Sandoval, A. et al. Ancrage périnucléaire de la chromatine méthylée H3K9 stabilise le destin cellulaire induit dans C. elegans des embryons. Cellule 1631333-1347 (2015).

  • 4

    Mattout, A., Cabianca, D.S. & Gasser, S.M. Etats chromatographiques et organisation nucléaire en développement – une vue de la lame nucléaire. Génome biol. 16174 (2015).

  • 5

    Towbin, B.D. et al. La méthylation par étapes de l'histone H3K9 positionne l'hétérochromatine à la périphérie nucléaire. Cellule 150, 934 à 947 (2012).

  • 6

    Meister, P., Towbin, B.D., Pike, B.L., Ponti, A. et Gasser, S.M. La dynamique spatiale des promoteurs tissulaires spécifiques C. elegans développement. Genes Dev. 24766–782 (2010).

  • 7.

    Meister, P., Gehlen, L.R., Varela, E., Kalck, V. et Gasser, S.M. Visualisation des chromosomes de levure et de l'architecture nucléaire. Méthodes Enzymol. 470535-567 (2010).

  • 8

    Sulston, J. E., Schierenberg, E., White, J. G. et Thomson, J. N. La lignée cellulaire embryonnaire du nématode Caenorhabditis elegans. Dev. Biol. 100, 64-119 (1983).

  • 9

    González-Aguilera, C. et al. L’analyse pangénomique relie l’émérine à l’activité des jonctions neuromusculaires chez Caenorhabditis elegans. Génome biol. 15, R21 (2014).

  • dix.

    Muñoz-Jiménez, C. et al. Un toolkit efficace basé sur le FLP pour le contrôle spatiotemporel de l’expression des gènes dans Caenorhabditis elegans. La génétique 206, 1763-1778 (2017).

  • 11

    Ikegami, K., T. Egelhofer, S. Strome et J. Lieb. Caenorhabditis elegans les bras chromosomiques sont ancrés à la membrane nucléaire par association discontinue avec LEM-2. Génome biol. 11, R120 (2010).

  • 12

    Doyon, Y., Selleck, W., Lane, W., Tan, S. et Côté, J. Conservation structurale et fonctionnelle du complexe NuA4 histone acétyltransférase de la levure à l'homme. Mol. Cellule. Biol. 24, 1884-1896 (2004).

  • 13

    Carrozza, M.J. et al. La méthylation de l'histone H3 par Set2 dirige la désacétylation des régions codantes par Rpd3S pour supprimer la transcription intragénique parasite. Cellule 123581-592 (2005).

  • 14

    Filion, G.J. et al. La cartographie systématique de la localisation des protéines révèle cinq principaux types de chromatine Drosophile cellules. Cellule 143, 212-224 (2010).

  • 15

    Zhang, P. et al. Structure du chromo domaine MRG15 humain et sa liaison à l'histone Hys méthylée Lys36. Acides Nucléiques Rés. 34, 6621 à 6628 (2006).

  • 16

    Eisen, A. et al. La levure NuA4 et Drosophile Les complexes MSL contiennent des sous-unités homologues importantes pour la régulation de la transcription. J. Biol. Chem. 276, 3484 à 3491 (2001).

  • 17

    Cai, Y. et al. Identification de nouvelles sous-unités du complexe histone acétyltransférase contenant des TRRAP / TIP60 de mammifères multiprotéines. J. Biol. Chem. 27842733-42736 (2003).

  • 18

    Celniker, S.E. et al. Déverrouiller les secrets du génome. La nature 459, 927 à 930 (2009).

  • 19

    Ahringer, J. & Gasser, S. M. Chromatine répressive dans Caenorhabditis elegans: établissement, composition et fonction. La génétique 208491-511 (2018).

  • 20

    Klymenko, T. & Müller, J. Les histones méthyltransférases Trithorax et Ash1 empêchent le silence de la transcription par les protéines du groupe Polycomb. Représentant EMBO. 5373–377 (2004).

  • 21

    Yuan, W. et al. La méthylation H3K36 antagonise la méthylation H3K27 médiée par PRC2. J. Biol. Chem. 2867983–7989 (2011).

  • 22

    Gaydos, L. J., Rechtsteiner, A., Egelhofer, T. A., Carroll, C. R. et Strome, S. L'antagonisme entre MES-4 et le complexe répressif Polycomb 2 favorise l'expression appropriée du gène C. elegans cellules germinales. Rapports de cellule 21169-1177 (2012).

  • 23

    Hajduskova, M. et al. MRG-1 / MRG15 est une barrière pour la reprogrammation des neurones dans les neurones Caenorhabditis elegans. La génétique 211121–139 (2019).

  • 24

    Vielle, A. et al. H4K20me1 contribue à la régulation à la baisse des gènes liés à l'X pour C. elegans compensation de dosage. PLoS Genet. 8e1002933 (2012).

  • 25

    Flury, V. et al. L'histone acétyltransférase Mst2 protège la chromatine active du silençage épigénétique en acétylant l'ubiquitine ligase Brl1. Mol. Cellule 67, 294-307 (2017).

  • 26

    Blobel, protéine de liaison à la protéine G. A. CREB et p300: intégrateurs moléculaires de la transcription hématopoïétique. Du sang 95745-755 (2000).

  • 27

    Narasimhan, K. et al. Cartographie et analyse de Caenorhabditis elegans spécificités de séquence du facteur de transcription. eLife 4e06967 (2015).

  • 28

    Schaufele, F. et al. CCAAT / protéine de liaison activatrice α assemble des facteurs de coopération essentiels dans des domaines sous-nucléaires communs. Mol. Endocrinol. 151665-1676 (2001).

  • 29

    Kovács, K. A., M. Steinmann, M. Magistretti, P. J., Halfon, O. & Cardinaux, J. R. CCAAT / Les membres de la famille de la protéine de liaison à l'amplificateur recrutent la protéine de liaison au CREB coactivateur et déclenchent sa phosphorylation. J. Biol. Chem. 27836959 à 36965 (2003).

  • 30

    Reinke, A.W., Baek, J., Ashenberg, O. & Keating, A. E. Les réseaux d'interactions protéine-protéine bZIP se sont diversifiés au cours d'un milliard d'années d'évolution. Science 340730–734 (2013).

  • 31.

    Jin, Q. et al. Rôles distincts de H3K9ac médiée par GCN5 / PCAF et H3K18 / 27ac médiée par CBP / p300 dans la transactivation des récepteurs nucléaires. EMBO J. 30, 249 à 262 (2011).

  • 32

    Lussi, Y. C. et al. L'élimination altérée de la méthylation de H3K4 affecte la détermination du destin cellulaire et la transcription des gènes. Développement 1433751–3762 (2016).

  • 33

    Les virus Polansky, H. et Schwab, H. Latent peuvent provoquer des maladies en perturbant la compétition pour le facteur limitant p300 / CBP. Cellule. Mol. Biol. Lett. 2356 (2018).

  • 34

    Robinson, M.D., McCarthy, D.J. & Smyth, G.K. edgeR: un progiciel bioconducteur pour l'analyse de l'expression différentielle de données numériques d'expression de gènes. Bioinformatique 26139-140 (2010).

  • 35

    Frøkjaer-Jensen, C. et al. Insertion en une seule copie de transgènes dans Caenorhabditis elegans. Nat. Genet. 401375-1383 (2008).

  • 36

    Timmons, L., Court, D. L. et Fire, A. L’ingestion d’ARNss exprimés par des bactéries peut produire une interférence génétique spécifique et puissante Caenorhabditis elegans. Gène 263103-112 (2001).

  • 37

    Schindelin, J. et al. Fidji: une plate-forme open-source pour l'analyse d'images biologiques. Nat. Les méthodes 9676–682 (2012).

  • 38

    Gómez-Saldivar, G., Meister, P., Askjaer, P. & Dam, I. D. DamID, analyse de l'organisation nucléaire en Caenorhabditis elegans. Méthodes Mol. Biol. 1411, 341–358 (2016).

  • 39

    Sharma, R., Ritler, D. & Meister, P. Outils d’analyse d’identification d’ADN adénine méthyltransférase de l’organisation nucléaire durant C. elegans développement. Genèse 54151-159 (2016).

  • 40

    Langmead, B., C. Trapnell, Pop, M. et Salzberg, S. L. Alignement ultrarapide et efficace en mémoire des séquences d'ADN courtes au génome humain. Génome biol. dix, R25 (2009).

  • 41

    Rechtsteiner, A. et al. L'histone H3K36 méthyltransférase MES-4 agit épigénétiquement pour transmettre la mémoire de l'expression du gène de la lignée germinale à la descendance. PLoS Genet. 6e1001091 (2010).

  • 42

    Strome, S. & Wood, W. B. Génération de l'asymétrie et de la ségrégation de granules de lignée germinale au début C. elegans des embryons. Cellule 35, 15-25 (1983).

  • 43

    Au, K. F., H., Jiang, L., L., Xing, Y. et Wong, W. H. Détection de jonctions d'épissage à partir de données d'ARN-seq appariées par SpliceMap. Acides Nucléiques Rés. 384570–4578 (2010).

  • 44

    Szklarczyk, D. et al. STRING v10: réseaux d'interaction protéine-protéine, intégrés sur l'arbre de la vie. Acides Nucléiques Rés. 43, D447 – D452 (2015).

  • 45

    Therizols, P. et al. La décondensation de la chromatine est suffisante pour modifier l'organisation nucléaire dans les cellules souches embryonnaires. Science 346, 1238-1242 (2014).

  • [ad_2]