La génétique et la chimie à grande échelle génèrent de nouvelles classes d'inhibiteurs de M. tuberculosis

[ad_1]

  • 1.

    Organisation mondiale de la santé. Résistance aux antimicrobiens: Rapport mondial sur la surveillance 2014. (OMS, 2014).

  • 2

    Organisation mondiale de la santé. Rapport mondial sur la tuberculose 2018. (OMS, 2018).

  • 3

    Andries, K. et al. Un médicament diarylquinoléine actif sur l’ATP synthase de Mycobacterium tuberculosis. Science 307223–227 (2005).

  • 4

    Matsumoto, M. et al. OPC-67683, un dérivé de nitro-dihydro-imidazooxazole ayant une action prometteuse contre la tuberculose in vitro et chez la souris. PLoS Med. 3e466 (2006).

  • 5

    Dheda, K. et al. L'épidémiologie, la pathogenèse, la transmission, le diagnostic et la prise en charge de la tuberculose multirésistante, ultrarésistante et incurable. Lancet Respir. Med. 5, 291 à 360 (2017).

  • 6

    Christophe, T. et al. Le criblage à haute teneur identifie la décaprénylphosphoribose 2 'épimérase comme cible des inhibiteurs intracellulaires des antimycobactériens. PLoS Pathog. 5, e1000645 (2009).

  • 7.

    Grzegorzewicz, A. E. et al. Inhibition du transport de l'acide mycolique à travers le Mycobacterium tuberculosis membrane plasma. Nat. Chem. Biol. 8, 334–341 (2012).

  • 8

    Stanley, S.A. et al. Les diarylcoumarines inhibent la biosynthèse de l’acide mycolique et tuent Mycobacterium tuberculosis en ciblant FadD32. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 11011565-11570 (2013).

  • 9

    Giaever, G. et al. Profil génomique de la sensibilité aux médicaments par le biais d'une haploinsuffisance induite. Nat. Genet. 21, 278-283 (1999).

  • dix.

    Nelson, J. et al. MOSAIC: un référentiel de données sur les interactions chimico-génétiques et une ressource Web pour explorer les modes d'action chimiques. Bioinformatique 34, 1251-1252 (2018).

  • 11

    Xu, D. et al. Test de fitness à l'échelle du génome et études de mécanisme d'action de composés inhibiteurs dans Candida albicans. PLoS Pathog. 3e92 (2007).

  • 12

    Wang, J. et al. La platensimycine est un inhibiteur sélectif du FabF doté de puissantes propriétés antibiotiques. La nature 441358-361 (2006).

  • 13

    Evans, J. C. et al. Validation de CoaBC en tant que cible bactéricide dans la voie de la coenzyme Mycobacterium tuberculosis. ACS Infect. Dis. 2958–968 (2016).

  • 14

    Abrahams, G. L. et al. Sensibilisation sélective à la voie de Mycobacterium tuberculosis pour le dépistage à base de cellules entières. Chem. Biol. 19844–854 (2012).

  • 15

    Donald, R. G. et al. UNE Staphylococcus aureus plate-forme de test de fitness pour le profilage basé sur le mécanisme de composés antibactériens. Chem. Biol. 16, 826 à 836 (2009).

  • 16

    Huber, J. et al. Identification génétique chimique d'inhibiteurs de peptidoglycanes potentialisant l'activité du carbapénème contre les bactéries résistant à la méthicilline Staphylococcus aureus. Chem. Biol. 16837–848 (2009).

  • 17

    Typas, A. et al. Analyses quantitatives à haut débit des interactions génétiques dans E. coli. Nat. Les méthodes 5781–787 (2008).

  • 18

    Kim, J.H. et al. Inactivation des protéines dans les mycobactéries par protéolyse contrôlée et son application pour épuiser la sous-unité bêta de l'ARN polymérase. Acides Nucléiques Rés. 392210–2220 (2011).

  • 19

    Kim, J.H. et al. Une stratégie génétique pour identifier des cibles pour le développement de médicaments empêchant la persistance des bactéries. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 11019095-19100 (2013).

  • 20

    DeJesus, M.A. et al. Analyse d’essentialité complète de la Mycobacterium tuberculosis génome par mutagenèse de transposon saturant. m
    Bio 8, e02133-16 (2017).

  • 21

    Yu, C. et al. Identification à haut débit des vulnérabilités cancéreuses spécifiques au génotype dans des mélanges de lignées de cellules tumorales à code à barres. Nat. Biotechnol. 34419 à 423 (2016).

  • 22

    Han, T. X., Xu, X.-Y., Zhang, M.-J., Peng, X. & Du, L.-L. Profil global de remise en forme des souches de délétion de levure de fission par séquençage de codes à barres. Génome biol. 11, R60 (2010).

  • 23

    Smith, A. M. et al. Séquençage de codes à barres hautement multiplexé: une méthode efficace pour l'analyse parallèle d'échantillons regroupés. Acides Nucléiques Rés. 38, e142 (2010).

  • 24

    Smith, A. M. et al. Phénotypage quantitatif par séquençage en profondeur de codes à barres. Génome res. 19, 1836-1842 (2009).

  • 25

    Vilchèze, C. et al. La résistance à l’isoniazide et à l’éthionamide correspond aux gènes de biosynthèse du mycothiol dans Mycobacterium bovis. Antimicrob. Agents Chemother. 554422–4423 (2011).

  • 26

    Wellington, S. et al. Un inhibiteur allostérique de petite molécule de Mycobacterium tuberculosis tryptophane synthase. Nat. Chem. Biol. 13943–950 (2017).

  • 27

    Moradigaravand, D. et al. dfrA thyA double suppression dans pararésistant à l'acide -aminosalicylique Mycobacterium tuberculosis Souches de Beijing. Antimicrob. Agents Chemother. 60, 3864 à 3867 (2016).

  • 28

    Tibshirani, R. Réduction de régression et sélection via le lasso. J. Roy. Stat. Soc. B 58267 (1994).

  • 29

    Scovill, J., Blank, E., Konnick, M., Nenortas, E. et Shapiro, T. Activités antitrypanosomales des tryptanthrines. Antimicrob. Agents Chemother. 46882–883 (2002).

  • 30

    Hwang, J. M. et al. Etudes de conception, de synthèse et de relations structure-activité des tryptanthrines en tant qu'agents antituberculeux. J. Nat. Prod. 76354–367 (2013).

  • 31.

    Medapi, B., Meda, N., Kulkarni, P., Yogeeswari, P. et Sriram, D. Développement de dérivés de l'acridine de manière sélective. Mycobacterium tuberculosis Inhibiteurs de l’ADN gyrase. Bioorg. Med. Chem. 24, 877–885 (2016).

  • 32

    Banerjee, A. et al. inhA, un gène codant pour une cible pour l'isoniazide et l'éthionamide dans Mycobacterium tuberculosis. Science 263227-230 (1994).

  • 33

    Yu, S., S. Girotto, C. Lee et Magliozzo, R. S. Affinité réduite pour l'isoniazide dans le mutant S315T de Mycobacterium tuberculosis KatG est un facteur clé de la résistance aux antibiotiques. J. Biol. Chem. 27814769-14775 (2003).

  • 34

    Negatu, D.A. et al. Un criblage de cellules entières de la bibliothèque de fragments identifie l'acide indole-propionique comme métabolite du microbiote intestinal comme antituberculeux. Antimicrob. Agents Chemother. 62e01571-17 (2018).

  • 35

    Negatu, D.A. et al. L'acide indole-propionique, métabolite du microbiote intestinal, cible la biosynthèse du tryptophane dans Mycobacterium tuberculosis. mBio dixe02781-18 (2019).

  • 36

    Tibshirani, R., Walther, G. et Hastie, T. Estimation du nombre de grappes dans un ensemble de données à l'aide de la statistique des écarts. J. Roy. Stat. Soc. B 63411 à 423 (2001).

  • 37

    Kool, E. T. Vecteurs d'ADN circulaires pour la synthèse d'ARN et d'ADN. Brevet US WO1998038300A1 (2000).

  • 38

    Daubendiek, S. L. et Kool, E. T. Génération d'ARN catalytiques par transcription par roulement de nanocircles d'ADN synthétique. Nat. Biotechnol. 15273 à 277 (1997).

  • 39

    Silver, L. L. Défis de la découverte antibactérienne. Clin. Microbiol. Tour. 24, 71-109 (2011).

  • 40

    Grant, S. S. et al. Identification de nouveaux inhibiteurs de non réplication Mycobacterium tuberculosis en utilisant un modèle de privation de carbone. ACS Chem. Biol. 8, 2224-2234 (2013).

  • 41

    Li, X. Z., Zhang, L. et Nikaido, H. Efflux, résistance intrinsèque aux médicaments induite par pompe, dans Mycobacterium smegmatis. Antimicrob. Agents Chemother. 48, 2415-2243 (2004).

  • 42

    Li, G. et al. Expression du gène de la pompe d'efflux chez les patients multirésistants Mycobacterium tuberculosis isolats cliniques. PLoS ONE dix, e0119013 (2015).

  • 43

    Rodrigues, L., D. Machado, I. Couto, L. Amaral & L. Viveiros, M. Contribution de l'activité d'efflux à la résistance à l'isoniazide dans le Mycobacterium tuberculosis complexe. Infecter. Genet. Evol. 12695–700 (2012).

  • 44

    Silver, L. L. dans Antibactériens Vol. 1 (eds Fisher, J.F. et al.) Ch. 24, 31–67 (Springer, 2017).

  • 45

    Singh, V. et al. Le mécanisme complexe de l'action antimycobactérienne du 5-fluorouracile. Chem. Biol. 22, 63–75 (2015).

  • 46

    Snapper, S. B., Melton, R. E., S. Mustafa, T. Kieser et W. Jacobs, W. R. Jr. Isolement et caractérisation de mutants efficaces de la transformation plasmidique de Mycobacterium smegmatis. Mol. Microbiol. 4, 1911-1919 (1990).

  • 47

    Murphy, K. C., Papavinasasundaram, K. & Sassetti, C. M. recombinaison de mycobactéries. Méthodes Mol. Biol. 1285177–199 (2015).

  • 48.

    Murphy, K. C. et al. ORBIT: un nouveau paradigme pour le génie génétique des chromosomes mycobactériens. mBio 9e01467-18 (2018).

  • 49

    Ehrt, S. et al. Contrôle de l’expression des gènes chez les mycobactéries avec l’anhydrotétracycline et le répresseur Tet. Acides Nucléiques Rés. 33e21 (2005).

  • 50

    Carey, M.F., Peterson, C.L. et Smale, S. T., mutagenèse dirigée par PCR. Printemps froid Harb. Protocole. 2013, 738 à 742 (2013).

  • 51.

    Wards, B.J. & Collins, D.M. L'électroporation à des températures élevées améliore considérablement l'efficacité de la transformation des mycobactéries à croissance lente. FEMS Microbiol. Lett. 145101-105 (1996).

  • 52

    Stanley, S.A. et al. Identification de nouveaux inhibiteurs de M. tuberculosis la croissance en utilisant un criblage à haut débit basé sur des cellules entières. ACS Chem. Biol. 71377–1384 (2012).

  • 53

    Reynolds, R.C. et al. Criblage à haut débit d’une bibliothèque basée sur des échafaudages inhibiteurs de kinases contre Mycobacterium tuberculosis H37Rv. Tuberculose (Edinb.) 92, 72–83 (2012).

  • 54

    Ananthan, S. et al. Criblage à haut débit d'inhibiteurs de Mycobacterium tuberculosis H37Rv. Tuberculose (Edinb.) 89, 334–353 (2009).

  • 55

    Maddry, J.A. et al. Activité antituberculeuse de la bibliothèque réseau du centre de criblage des bibliothèques moléculaires. Tuberculose (Edinb.) 89354–363 (2009).

  • 56.

    Ballell, L. et al. Alimenter la découverte de médicaments à source ouverte: 177 petites molécules mènent contre la tuberculose. ChemMedChem 8, 313 à 321 (2013).

  • 57

    Love, M. I., Huber, W. et Anders, S. Estimation modérée du changement de pli et de la dispersion pour les données d'ARN-seq avec DESeq2. Génome biol. 15550 (2014).

  • 58

    Venables, W. N. & Ripley, B. D. Statistique appliquée moderne avec S 4ème édition (Springer, 2002).

  • 59

    van der Maaten, L. & Hinton, G. Visualisation de données à l'aide de t-SNE. J. Mach. Apprendre. Res. 92579-2605 (2008).

  • 60.

    Murtagh, F. & Legendre, P. Ward Méthode de classification par agglomération agglomérée hiérarchique: quels algorithmes implémentent le critère de Ward? J. Classif. 31274-295 (2014).

  • 61.

    Kanehisa, M., Furumichi, M., Tanabe, M., Sato, Y. et Morishima, K. KEGG: nouvelles perspectives sur les génomes, les voies de transmission, les maladies et les médicaments. Acides Nucléiques Rés. 45, D353 – D361 (2017).

  • 62

    Friedman, J., T. Hastie et R. Tibshirani. Chemins de régularisation pour modèles linéaires généralisés par descente de coordonnées. J. Stat. Logiciel. 33, 1–22 (2010).

  • 63.

    Vilcheze, C. & Jacobs, W. R. Isolement et analyse de Mycobacterium tuberculosis acides mycoliques. Curr. Protoc. Microbiol. 5, 10A.3.1–10A.2.11 (2007).

  • 64.

    Cole, S. T. et al. Décrypter la biologie de Mycobacterium tuberculosis de la séquence complète du génome. La nature 393537-544 (1998).

  • 65.

    Gerstung, M. et al. Détection fiable des variants subclonaux mononucléotidiques dans les populations de cellules tumorales. Nat. Commun. 3811 (2012).

  • 66.

    Paixão, L. et al. Détermination fluorométrique de la cinétique d’efflux du bromure d’éthidium chez Escherichia coli. J. Biol. Eng. 3, 18 (2009).

  • 67.

    Michaelis, L., Menten, M. L., Johnson, K. A. et Goody, R. S. La constante de Michaelis d'origine: traduction de l'article de 1913 de Michaelis – Menten. Biochimie 50, 8264 à 8269 (2011).

  • 68.

    Nelder, J. A. & Mead, R. Une méthode simple pour la minimisation de la fonction. Comput. J. 7308-313 (1965).

  • 69

    Fick, A. Ueber diffusion. Ann. Phys. 170, 59–86 (1855).

  • 70.

    Vergalli, J. et al. Quantification spectrofluorimétrique de la concentration en antibiotiques dans les cellules bactériennes pour la caractérisation de la translocation à travers les membranes bactériennes. Nat. Protocoles 131348-1361 (2018).

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