Suivi de lignage haute résolution révèle une vague progressive d'adaptation dans la levure de laboratoire

[ad_1]

  • 1.

    Gerrish, P. J. & Lenski, R. E. Le destin des mutations bénéfiques concurrentes dans une population asexuée. Genetica 102-103127-124 (1998).

  • 2

    Desai, M. M., Fisher, D.S. & Murray, A. W. La vitesse d'évolution et le maintien de la variation dans les populations asexuées. Curr. Biol. 17, 385–394 (2007).

  • 3

    Miller, C. R., Joyce, P. et Wichman, H. A. Les effets mutationnels et la dynamique des populations au cours de l'adaptation virale remettent en question les modèles actuels. La génétique 187, 185-202 (2011).

  • 4

    De Visser, J.A.M.M. et al. Diminution des rendements du taux d’approvisionnement en mutations dans les populations asexuées. Science 283404–406 (1999).

  • 5

    Levy, S. F. et al. Dynamique d'évolution quantitative utilisant le suivi de lignage haute résolution. La nature 519181-186 (2015).

  • 6

    McDonald, M. J., Rice, D. P. et Desai, M. M. Sex accélère l'adaptation en modifiant la dynamique de l'évolution moléculaire. La nature 531233 à 236 (2016).

  • sept.

    Lang, G. I. et al. En interception génétique envahissante et interférence clonale dans quarante populations de levure en évolution. La nature 500571-574 (2013).

  • 8

    Kvitek, D. J. et Sherlock, G. Le séquençage de populations entières et de génomes entiers révèle que la perte de réseaux de signalisation est la principale stratégie d’adaptation dans un environnement constant. PLoS Genet. 9, e1003972 (2013).

  • 9

    Good, B. H., McDonald, M. J., Barrick, J. E., Lenski, R. E. et Desai, M. M. La dynamique de l'évolution moléculaire sur 60 000 générations. La nature 551, 45–50 (2017).

  • dix.

    Tenaillon, O. et al. Le tempo et le mode d'évolution du génome dans une expérience de 50 000 générations. La nature 536165–170 (2016).

  • 11

    Neher, R. A. Projet génétique, interférence sélective et génétique des populations par adaptation rapide. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 44, 195-215 (2013).

  • 12

    Desai, M. M. & Fisher, D. S. Bilan de sélection des mutations bénéfiques et effet du couplage sur la sélection positive. La génétique 176, 1759-1798 (2007).

  • 13

    Good, B.H., Rouzine, I.M., Balick, D.J., Hallatschek, O. & Desai, M.M. Distribution des mutations bénéfiques fixes et du taux d'adaptation dans les populations asexuées. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 1094950–4955 (2012).

  • 14

    Rouzine, I. M., Brunet, E. & Wilke, C. O. L’approche par ondes progressives de l’évolution asexuée: cliquet de Muller et vitesse d’adaptation. Théor. Popul. Biol. 73, 24–46 (2008).

  • 15

    Tsimring, L.S., Levine, H. & Kessler, D.A. Evolution du virus à ARN via un modèle de fitness-espace. Phys. Rev. Lett. 764440-4443 (1996).

  • 16

    Hallatschek, O. Le bord bruyant des vagues en mouvement. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 108, 1783-1787 (2011).

  • 17

    Fisher, D. S. Vagues d'évolution asexuée: fluctuations et universalité. J. Stat. Mech. 2013P01011 (2013).

  • 18

    Cvijović, I., Nguyen Ba, A.N. et Desai, M.M. Études expérimentales de la dynamique de l'évolution chez les microbes. Tendances Genet. 34693–703 (2018).

  • 19

    Buskirk, S.W., Peace, R.E. & Lang, G.I. L'auto-stop et l'épistasie créent une dynamique de cohortes dans l'adaptation des populations. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 1148330-8335 (2017).

  • 20

    Zanini, F. et al. Génomique de population de l'évolution du VIH-1 à l'intérieur d'un patient. eLife 4, e11282 (2015).

  • 21

    Lieberman, T. D. et al. L'évolution bactérienne parallèle chez plusieurs patients identifie des gènes candidats de pathogénicité. Nat. Genet. 43, 1275-1280 (2011).

  • 22

    Strelkowa, N. & Lässig, M. Interférence clonale dans l'évolution de la grippe. La génétique 192671–682 (2012).

  • 23

    Nik-Zainal, S. et al. L’histoire de 21 cancers du sein. Cellule 149994–1007 (2012).

  • 24

    Nourmohammad, A., Otwinowski, J., Luksza, M., Mora, T. et Walczak, A., M. Sélection féroce et interférence dans la réponse du répertoire des lymphocytes B au VIH-1 chronique. Mol. Biol. Evol. 362184-2194 (2019).

  • 25

    Muller, H. Quelques aspects génétiques du sexe. Un m. Nat. 66, 118-138 (1932).

  • 26

    Maynard Smith, J. Evolution dans les populations sexuelles et asexuées. Un m. Nat. 102469-473 (1968).

  • 27

    Good, B.H. & Desai, M.M. Des passagers délétères dans l'adaptation des populations. La génétique 1981183-1208 (2014).

  • 28

    Blundell, J. R. et Levy, S. F. Au-delà du séquençage du génome: suivi de la lignée avec des codes à barres pour étudier la dynamique de l'évolution, des infections et du cancer. Génomique 104417–430 (2014).

  • 29

    Blundell, J. R. et al. La dynamique de la diversité génétique adaptative au cours des premiers stades de l'évolution clonale. Nat. Ecol. Evol. 3293-301 (2019).

  • 30

    Ludovico, P., Sousa, M. J., Silva, M. T., Leão, C. et Côrte-Real, M. Saccharomyces cerevisiae s'engage dans un processus de mort cellulaire programmée en réponse à l'acide acétique. Microbiologie 147, 2409-2415 (2001).

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