scSLAM-seq révèle les caractéristiques fondamentales de la dynamique de la transcription dans des cellules uniques

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  • 1.

    Wagner, A., Regev, A. et Yosef, N. Révéler les vecteurs de l'identité cellulaire avec la génomique unicellulaire. Nat. Biotechnol. 341145-1160 (2016).

  • 2

    Dölken, L. et al. Profil d'expression génique à haute résolution pour l'analyse simultanée de paramètres cinétiques de la synthèse et de la désintégration de l'ARN. ARN 141959-1972 (2008).

  • 3

    Herzog, V. A. et al. Alkylation d'ARN à liaison thiol pour évaluer la dynamique de l'expression. Nat. Les méthodes 141198-1204 (2017).

  • 4

    Jürges, C., Dölken, L. et Erhard, F. Disséquer les ARN récemment transcrits et anciens à l'aide de GRAND-SLAM. Bioinformatique 34, i218 à i226 (2018).

  • 5

    La Manno, G. et al. Vitesse de l'ARN de cellules individuelles. La nature 560494–498 (2018).

  • 6

    Terhune, S.S., Schröer, J. & Shenk, T. Les ARN sont encapsidés dans des virions de cytomégalovirus humains proportionnellement à leur concentration intracellulaire. J. Virol. 7810390-10398 (2004).

  • 7.

    Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E. et Satija, R. Intégration de données transcriptomiques unicellulaires dans différentes conditions, technologies et espèces. Nat. Biotechnol. 36411–420 (2018).

  • 8

    Wu, Z., Zhang, Y., Stitzel, M.L. et Wu, H. Analyse de l'expression différentielle en deux phases pour l'ARN de cellules uniques. Bioinformatique 34, 3340 à 3348 (2018).

  • 9

    Shalek, A.K. et al. La transcriptomique unicellulaire révèle la bimodalité de l'expression et l'épissage dans les cellules immunitaires. La nature 498236–240 (2013).

  • dix.

    Marcinowski, L. et al. Profilage transcriptionnel en temps réel de l'expression des gènes cellulaires et viraux au cours d'une infection à cytomégalovirus lytique. PLoS Pathog. 8e1002908 (2012).

  • 11

    Krause, E., de Graaf, M., Fliss, P., Dölken, L. et Brune, W. La protéine M45 associée au virion du cytomegalovirus murin médie l'activation rapide de NF-KB après l'infection. J. Virol. 889963 à 9975 (2014).

  • 12

    Fan, J. et al. Caractérisation de l'hétérogénéité transcriptionnelle par analyse de la voie de dispersion et de la dispersion des gènes. Nat. Les méthodes 13, 241–244 (2016).

  • 13

    Pachkov, M., Balwierz, P., Arnold, P., Ozonov, E. et van Nimwegen, E. Swiss Regulon, une base de données d'annotations sur l'ensemble du génome de sites régulateurs: mises à jour récentes. Acides Nucléiques Rés. 41, D214 – D220 (2013).

  • 14

    Lio, C.-W. J. et al. La signalisation cGAS-STING régule le contrôle inné initial de l'infection à cytomégalovirus. J. Virol. 907789–7797 (2016).

  • 15

    Rand, U. et al. La stochasticité multicouche et la propagation du signal paracrine façonnent la réponse de l’interféron de type I. Mol. Syst. Biol. 8, 584 (2012).

  • 16

    Hinata, K., Gervin, A., Jennifer Zhang, Y. et Khavari, P. A. Régulation divergente des gènes et effets sur la croissance par le NF-κB dans les cellules épithéliales et mésenchymateuses de la peau humaine. Oncogène 221955-1964 (2003).

  • 17

    Hodges, C., L. Bintu, L. Lubkowska, Kashlev, M. & Bustamante, C. Les fluctuations nucléosomiques régissent la dynamique de la transcription de l'ARN polymérase II. Science 325, 626 à 628 (2009).

  • 18

    Tantale, K. et al. Une vue d'une seule molécule de la transcription révèle des convois d'ARN polymérases et un éclatement à plusieurs échelles. Nat. Commun. 712248 (2016).

  • 19

    Picelli, S. et al. Smart-seq2 pour le profilage sensible du transcriptome complet dans des cellules uniques. Nat. Les méthodes dix1096-1098 (2013).

  • 20

    Zoller, B., Nicolas, D., Molina, N. et Naef, F. Structure des intervalles de transcription silencieux et des caractéristiques de bruit des gènes de mammifères. Mol. Syst. Biol. 11823 (2015).

  • 21

    Koch, A. et al. Analyse de la méthylation de l'ADN dans le cancer: localisation repensée. Nat. Rev. Clin. Oncol. 15459–466 (2018).

  • 22

    Maza, I. et al. Acquisition transitoire de la pluripotence au cours de la transdifférenciation des cellules somatiques avec les facteurs de reprogrammation iPSC. Nat. Biotechnol. 33769–774 (2015).

  • 23

    Reinius, B. & Sandberg, R. Expression aléatoire monoallélique de gènes autosomiques: transcription stochastique et régulation du niveau allélique. Nat. Rev. Genet. 16, 653 à 664 (2015).

  • 24

    Kiefer, L., Schofield, J. A. et Simon, M. D. Extension de la boîte à outils de recodage de nucléosides: révélation de la dynamique des populations d'ARN avec la 6-thioguanosine. Confiture. Chem. Soc. 14014567–14570 (2018).

  • 25

    Brennecke, P. et al. Prise en compte du bruit technique dans les expériences RNA-seq unicellulaires. Nat. Les méthodes dix1093-1095 (2013).

  • 26

    Schwanhäusser, B. et al. Quantification globale du contrôle de l’expression des gènes chez les mammifères. La nature 473, 337–342 (2011).

  • 27

    Liu, Z. et al. Reconstruction d'une pseudo-série chronologique du cycle cellulaire via des données de transcriptome unicellulaire. Nat. Comm. 822 (2011).

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