[ad_1]
Michalopoulos, G. K. & DeFrances, M. C. Régénération du foie. Science 276, 60–66 (1997).
Ryerson, A. B. et al. Rapport annuel à la nation sur l'état du cancer, 1975-2012, présentant l'incidence croissante du cancer du foie. Cancer 1221312-1337 (2016).
Grün, D. & van Oudenaarden, A. Conception et analyse d'expériences de séquençage unicellulaire. Cellule 163799–810 (2015).
Herman, J. S., Sagar et Grün, D. FateID déduisent le biais du destin cellulaire dans les progéniteurs multipotents à partir de données d'ARN à une seule cellule. Nat. Les méthodes 15379–386 (2018).
Grün, D. et al. Le séquençage de l'ARN messager unicellulaire révèle de rares types de cellules intestinales. La nature 525251-255 (2015).
Jungermann, K. & Kietzmann, T. Zonation du métabolisme parenchymal et non parenchymateux dans le foie. Annu. Rev Nutr. 16179-203 (1996).
Gebhardt, R. Zonation métabolique du foie: régulation et implications pour la fonction hépatique. Pharmacol. Ther. 53275-354 (1992).
Kietzmann, T. Zonation métabolique du foie: le gradient d'oxygène revisité. Redox Biol. 11622–630 (2017).
Halpern, K. B. et al. La reconstruction spatiale unicellulaire révèle la division globale du travail dans le foie des mammifères. La nature 542352–356 (2017).
MacParland, S.A. et al. Le séquençage d'ARN monocellulaire du foie humain révèle des populations distinctes de macrophages intrahépatiques. Nat. Commun. 94383 (2018).
Haghverdi, L., Büttner, M., Wolf, F. A., Buettner, F. & Theis, F. J. Diffusion. Le pseudotime reconstruit de manière robuste le branchement de la lignée. Nat. Les méthodes 13845–848 (2016).
Strauss, O., Phillips, A., K. Ruggiero, A. Bartlett et P. Dunbar, R. Immunofluorescence identifie des sous-ensembles distincts de cellules endothéliales dans le foie humain. Sci. Représentant. 744356 (2017).
Halpern, K. B. et al. Le séquençage par paires de cellules permet la cartographie de l'expression génique spatiale des cellules endothéliales du foie. Nat. Biotechnol. 36962 à 970 (2018).
Raven, A. et al. Les cholangiocytes agissent comme des cellules souches hépatiques facultatives lors de la régénération altérée des hépatocytes. La nature 547, 350–354 (2017).
Michalopoulos, G. K., Barua, L. et Bowen, W. C. Transdifférenciation des hépatocytes de rat en cellules biliaires après ligature des voies biliaires et lésion biliaire toxique. Hépatologie 41535-544 (2005).
Schmelzer, E. et al. Cellules souches hépatiques humaines provenant de donneurs foetaux et postnataux. J. Exp. Med. 2041973-1987 (2007).
Turner, R. et al. Biologie des cellules souches hépatiques humaines et de la lignée de foie en cours de maturation. Hépatologie 531035-1045 (2011).
Grün, D. et al. Prédiction de novo de l'identité des cellules souches à l'aide de données de transcriptome unicellulaire. Cellule souche cellulaire 19266–277 (2016).
Okabe, M. et al. Les cellules souches hépatiques potentielles résident dans EpCAM+ cellules de foie de souris normales et blessées. Développement 1361951-1960 (2009).
Cardinale, V. et al. Les cellules souches / progénitrices multipotentes dans les arbres biliaires humains donnent naissance à des hépatocytes, des cholangiocytes et des îlots pancréatiques. Hépatologie 542159-2172 (2011).
Kodama, Y. et al. Hes1 est nécessaire au développement des voies biliaires intrahépatiques. Gastroentérologie 124, A123 (2003).
Sosa-Pineda, B., Wigle, J. T. et Oliver, G. La migration des hépatocytes au cours du développement du foie nécessite Prox1. Nat. Genet. 25254-255 (2000).
Huch, M. et al. Culture à long terme de cellules souches bipotentes stables dans le génome à partir de foie humain adulte. Cellule 160, 299 à 312 (2015).
Betge, J. et al. MUC1, MUC2, MUC5AC et MUC6 dans le cancer colorectal: profils d'expression et signification clinique. Arc de Virchows. 469255–265 (2016).
Park, S.-W. et al. La protéine disulfure isomérase AGR2 est essentielle à la production de mucus intestinal. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 1066950–6955 (2009).
Forner, A., Reig, M. et Bruix, J. Carcinome hépatocellulaire. Lancette 391, 1301-1314 (2018).
Matkowskyj, K.A. et al. Aldoketoreductase family 1B10 (AKR1B10) en tant que biomarqueur permettant de distinguer le carcinome hépatocellulaire des lésions hépatiques bénignes. Fredonner. Pathol. 45834–843 (2014).
Rantakari, P. et al. La protéine endothéliale PLVAP dans les lymphatiques contrôle l’entrée des lymphocytes et des antigènes dans les ganglions lymphatiques. Nat. Immunol. 16, 386–396 (2015).
Grompe, M. & Strom, S. Souris avec des foies humains. Gastroentérologie 145, 1209-1214 (2013).
Azuma, H. et al. Expansion robuste d'hépatocytes humains à Fah– / –/ Rag2– / –/ Il2rg– / – des souris Nat. Biotechnol. 25903 à 910 (2007).
Uhlén, M. et al. Protéomique. Carte tissulaire du protéome humain. Science 3471260419 (2015).
Krieger, S. E. et al. L'inhibition de l'infection par le virus de l'hépatite C par des anticorps anti-claudine-1 passe par la neutralisation des associations E2-CD81-claudine-1. Hépatologie 511144-1157 (2010).
Lieber, A., Peeters, M. J., Gown, A., Perkins, J. et Kay, M. A. Un activateur de plasminogène urokinase modifié induit une régénération du foie sans saignement. Fredonner. Gene Ther. 61029-1037 (1995).
Mailly, L. et al. Élimination de l'infection persistante par le virus de l'hépatite C chez des souris humanisées à l'aide d'un anticorps monoclonal ciblant la claudine-1. Nat. Biotechnol. 33, 549–554 (2015).
Hashimshony, T. et al. CEL-Seq2: ARN-seq monocellulaire sensible hautement multiplexé. Génome biol. 17, 77 (2016).
Li, H. & Durbin, R. Alignement rapide et précis à lecture longue avec la transformation de Burrows-Wheeler. Bioinformatique 26589-595 (2010).
D. Grün, L. Kester et A. Oudenaarden, A. Validation des modèles de bruit pour la transcriptomique unicellulaire. Nat. Les méthodes 11637 à 640 (2014).
Anders, S. & Huber, W. Analyse de l'expression différentielle pour les données de comptage de séquence. Génome biol. 11R106 (2010).
Yu, G., Wang, L.-G., Han, Y. & He, Q.-Y. clusterProfiler: un package R permettant de comparer des thèmes biologiques parmi des grappes de gènes. OMICS 16284–287 (2012).
Subramanian, A. et al. Analyse d'enrichissement d'ensembles de gènes: une approche basée sur la connaissance pour interpréter les profils d'expression à l'échelle du génome. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 10215545-1550 (2005).
Mootha, V.K. et al. Les gènes sensibles à PGC-1α impliqués dans la phosphorylation oxydative sont régulés de manière coordonnée dans le diabète humain. Nat. Genet. 34267 à 273 (2003).
Yu, G. & He, Q. Y. ReactomePA: un progiciel R / Bioconductor pour l'analyse et la visualisation de la voie du réactome. Mol. Biosyst. 12477–479 (2016).
Broutier, L. et al. Culture et mise en place d'organoïdes 3D auto-régénérants du foie et du pancréas adultes humains et souris et leur manipulation génétique. Nat. Protocoles 111724-1743 (2016).
Aizarani, N. et al. Protocole de séquençage d'ARN monocellulaire de cellules hépatiques cryopréservées. Protoc. Exch. (2019).
[ad_2]